EU-kommissionen støtter gennem det Trans Europæsiske Transport Netværk den dansk-tyske Femern-bælt-forbindelse med 2,8 mia. kr. i årene 2007-2013.
Men tildelingen af penge fra EU behøver ikke at slutte her, der kan meget vel komme flere penge fra EU, da den væsentlige del af byggeriet, der skal vare fra 2011 til 2018, ligger uden for den nuværende bevillingsperiode.
Hovedparten af tilskuddet skal gå til undersøgelser af de første arbejder af broen. Resten er til undersøgelse af jernbaneudbygninger mellem København og Rødby.