Realdania blev hårdt ramt af den finansielle uro i sidste halvdel af 2008. Fondens aktiepost i Danske Bank gav alene et negativt afkast på 11,5 mia. kroner, og i alt gav investeringsaktiverne et negativt afkast på 45,3 %, hvilket er stærkt medvirkende til, at fonden sluttede året i et minus på 14,7 mia. kroner.
Samlet set uddelte Realdania i 2008 1,091 mia. kroner mod 1,345 mia. i 2007. Ved udgangen af året var fonden involveret i 369 projekter med en portefølje på i alt 16,2 mia. kroner.
Af de 369 projekter går de 34 ind under betegnelsen ”flagskibe”, og blandt de mest bemærkelsesværdige er her Mulitmediehuset i Århus og Den Blå Planet - det nye Danmarks Akvarium.